KIP-Veröffentlichungen

Die Methode ¨’COMBO-FISH¨’ stellt eine Möglichkeit dar eine spezifische Genregion zu markieren und zu detektieren. Da die eingesetzten Materialien unterschiedlichen Einfluss auf die Qualität der Präparate nehmen können, werden verschiedene Ansatzmöglichkeiten im Rahmen dieser Bachelorarbeit eingehender untersucht.
Zunächst wird die Auswirkungen verschiedener Eindeckmedien auf die Architektur der Zellkerne der Zelllinie Cal 51 untersucht. Dabei werden einige Gegenfärbungen mit dem Fluoreszenzfarbstoff DAPI in Kombination mit den Eindeckungen getestet. Diese Präparate werden mit einem Epifluoreszenzmikroskop auf ihre Qualität hin untersucht und anschließend für eine  dreidimensionale Analyse an einem Spinning Disk Konfokalmikroskop aufgenommen.
Eine angeschliessende Auswertung der erhaltenen Datensätze erfolgt mit verschiedenen Bildverarbeitungsprogrammen, die eine dreidimensionale Rekonstruktion der aufgenommenen Zellkerne erlauben.
Eine weitere Strukturanalyse wird an hybridisierten Nuklei vorgenommen. Diese werden ebenfalls einer DAPI-Färbung und Eindeckung unterzogen. Die entstandenen Präparate werden wie die unhybridisierten Kernen untersucht, mikroskopiert und rekonstruiert.
Um eine Verbesserung des Fluoreszenzsignals von COMBO-FISH-Sonden zu erzielen, werden die Präparate mit einem sekundären Antikörper behandelt.
Die eingesetzen Antikörper binden an die Fluoreszenzfarbstoffe der eingesetzten Sonden. Hier wird besonders auf die  Signalgröße sowie einer Intensitätsverbesserung der Sonden geachtet.
Diese Analysen ergaben verschiedene Erkenntnisse über die Eignung der eingesetzten Eindeckmedien für die Mikroskopie, sowie die damit verbundenen Optimierungen einer COMBO-FISH-Markierung und die Signalverstärkung der Sonden.

The method of ’COMBO-FISH’ is a possibility to label and detect a specific region in the DNA. Because there are different starting point to improve the COMBO-FISH-preparation the used materials and there influences will be checked in the scope of this Bachelor thesis.
At first the influence of various embedding media on the cell-line Cal 51 is examined. To achieve this, the cells are labeled by the fluoresceine DAPI and mounted. The quality of the samples is determined using an epifluorescence microscope. A spinning disc confocal microscope is used to enable a three dimensional analysis of the cells. The received data is analyzed via various image processing programs, which enabled three dimensional construction of the captured nuclei.
Furthermore, another structural analysis is conducted on hybridized nuclei, which are also marked with DAPI. These cells are examined analogously to the unhybridized samples.
In order to improve the fluorescence signal of the COMBO-FISH probe they are labeled with an secundary antibody. The mentioned methods are used to determine the effect of the antibody binding to fluorescent dyes. The focus is on the size of the COMBO-FISH signals as well as the intensity.
From these examinations it is possible to gain various insights regarding the applicability of the used embedding media for different types of microscopes, as well as insights about the optimization of the COMBO-FISH preparation in regard to signal enhancement.