KIP-Veröffentlichungen

Diese Arbeit beschäftigt sich vorrangig mit sequenzbasierter Mustersuche in Genomen der Chordata, der Pilze sowie der
Protisten. Im ersten Teil werden die Alu-Sequenzen auf bestimmte Muster in Genomen der Primaten untersucht, welche im Verlauf der Evolution konserviert geblieben sind. Dem folgen unterschiedliche Ansätze zur Mustersuche auf stammesgeschichtlich weiter entfernten Genomen, wie z.B. die Untersuchung bestimmter biologisch relevanter Sequenzen, sowie der Syntenie. Des Weiteren wird die Analyse kleinster Strukturen innerhalb der Genome unterschiedlicher Spezies auf der Ebene der Monomere, Dimere und Trimere durchgeführt. Es werden die häugsten Sequenzen der Länge von 18 Basenpaaren innerhalb mehrerer Organismen auf Gemeinsamkeiten untersucht. Zum Abschluss werden die häugsten Sequenzen des menschlichen Genoms untersucht, die sich als eine DNA-Sonde eignen könnten.

This work adresses primarily the sequence-based search for patterns in the genomes of chordata, fungi as well as protists. In the beginning the Alu-sequences will be examined for patterns in the genomes of primates, which remained conserved in the course of evolution. Furthermore dierent approaches for the search of patterns on phylogenetically distant genomes, e.g. the examination of certain biologically relevant sequences, as well as the synteny will be discussed. Additionally the analysis of the smallest structures within the genomes of dierent species on the level of monomers, dimers and trimers will be implemented. The most frequent sequences with a length of 18 base pairs common in several organisms will be analysed. Eventually the most frequent sequences of the human genome, which are suited for usage as a DNA-probe, will be examined.