KIP-Veröffentlichungen

Mit der COMBO-FISH Methode können Genregionen spezifisch markiert werden. Dazu werden Sets aus fluoreszenzmarkierten Oligonukleotidsequenzen genutzt, die sich im Zellkern an die Zielsequenz der DNA anlagern. Nur wenn alle Sequenzen in der Zielregion binden, ist ein spezifisches Fluoreszenzsignal sichtbar. Dieses präzise Verfahren wäre in der medizinischen Diagnostik von großem Vorteil, da beispielsweise eine genaue Quantifizierung von Genamplifikationen vorgenommen werden könnten. Diese Kenntnis ist etwa im Falle eine Brustkrebserkrankung von großer Bedeutung, um die Auswahl geeigneter Therapien zu erleichtern. In dieser Arbeit wurde die Spezifität verschiedener COMBOFISH-Sonden zur Markierung des Her2/neu-Gens und des Zentromer 17 gezeigt. Dazu wurden Hybridisierungen auf Kontrollzellen mit bekanntem Genotyp durchgeführt. Des Weiteren wurden das Her2/neu-Gen auf Brustkrebszellen (SkBr3 und Cal51) mit zwei Sondensets aus unterschiedlichen Oligonukleotidsequenzen (16 Sequenzen doppeltmarkiert mit Alexa 488 und 28 Sequenzen einfach markiert mit Alexa 647) markiert. Ein Vergleich der beiden Sondensets ergab eine nahezu gleiche Hybridisierungseffizienz (30-35 % auf Krebszellen, 10% auf Kontrollzellen). Bei dem Alexa 488 markierten Sondenset wurde eine Verstärkung durch Antikörper eingesetzt, um die Detektierbarkeit zu verbessern. Sobald mit COMBO-FISH ausreichend hohe Hybridisierungseffizienzen erreicht werden, ist diese Methode aufgrund der Möglichkeit, Genamplifikationen exakt zu bestimmen, eine sinnvolle Ergänzung zur derzeit in der Diagnostik eingesetzten FISH-Technik.

The method of COMBO-FISH allows specific labeling of genomic sites. Here, sets of oligonucleotides labeled with fluorophores, which attach to their complementary DNA sequence in the nucleus, are used. Only when all sequences attach to the gene, a fluorescence signal is produced. This technique can be useful for medical diagnostics, since amplifications of a gene could be detected in a very precise way. This knowledge is important, for example, in case of a breast carcinoma to choose a suitable therapy. In this thesis the specificity of multiple probes was confirmed. The her2/neu gene and centromer 17 were labeled in control cells with a known genotype. Furthermore, the gene was labeled in breast cancer cell lines (SkBr3 and Cal51) using probes with different oligonucleotide sequences (16 sequences labeled with two Alexa 488 fluorophores and 28 sequences labeled with one Alexa 647 fluorophore). A comparison between the two probe sets showed a nearly equal hybridization efficiency (30-35 % in cancer cells, 10 % in control cells). In cells, where the gene was labeled with Alexa 488, secondary antibodies were used to improve the detectability. Once the COMBO-FISH technique delievers a sufficient hybridization efficiency, it is a meaningful supporting tool for FISH analysis, which is currently used in diagnostics.