KIP-Veröffentlichungen

In dieser Arbeit wurden die sequenzierten Genome von 81 Viren auf Muster und Gemeinsamkeiten untersucht. Die Auswahl der Organismen erfolgte unter Beachtung einer möglichst großen Bandbreite, wobei der Mensch als Wirt priorisiert wurde. Die Analyse umfasst Histogramme, Heatmaps, Vektorplots und Maps von Mono- bis Tetrameren, 18-meren und Genen. Chargaffs zweite Paritätsregel konnte für dsDNA-Viren bestätigt werden. Bei 51 von 81 Organismen tritt ein niedriger Anteil des Dinukleotids CG, der nur partiell mit einer Methylierung erklärt werden konnte. In der Betrachtung der 1- bis 4-mere wurde eine weitgehende Übereinstimmung der derzeitigen Taxonomie des ICTV mit den Daten der Heatmaps und teilweise Deckung mit den Daten der Vektorplots festgestellt. Dies betrifft insbesondere die Ordnung Mononegavirales und die Familien Papillomaviridae, Parvoviridae und Hepadnaviridae. In einer 18-mer-Heatmap wurden Korrelationen zwischen Mouse parvovirus 4 und Mouse parvovirus 5; HHV 1 und HHV 2; HHV 6A, HHV 6B und HHV 7 und innerhalb der beiden Gattungen der Hepadnaviridae aufgezeigt, die auf eine enge Verwandtschaft dieser Viren hinweist. In der Gen-Analyse konnte eine lineare Abhängigkeit von Genanzahl und Genomlänge aufgezeigt werden.

In this thesis the sequenced genomes of 81 viruses were investigated for patterns and similarities. The choice of organisms was aimed to reflect a big spectrum of viruses, in favour of human as host. The analysis comprises histograms, heatmaps, vector plots and maps of mono- to tetramers, 18-mers and genes. Chargaff's second parity rule was approved for dsDNA viruses. 51 of 81 viruses showed a low CpG content which is partly explained by methylation of cytosine. The taxonomy of ICTV can be substantially represented by the use of heatmaps and in some cases by the use of vector plots. This holds true especially for the order Mononegavirales, the families Papillomaviridae, Parvoviridae and Hepadnaviridae and the herpesviruses HHV 1 and 2 and HHV 6A, 6B and 7. Linear dependency between the number of genes and the genome size was shown.